10X 空间转录组学

空转Spatial Transcriptomics:将基因表达与组织切片的免疫组化图片结合,将组织内不同细胞的基因表达信息定位到组织空间,直观地检测组织不同部位基因表达的差异

一、基本流程及原理

1、基本原理:基因表达芯片上有4个捕获区域,每个捕获区域约有5000个spot,每个spot直径55µm,两个spot中心点间距100µm,一个spot上有数百万条oligo且Spatial Barcode相同,不同spot间Spatial Barcode不同,通过Spatial Barcode就能知道mRNA的空间位置信息。UMI用于基因表达定量,知道每个spot上有哪些基因表达及其表达量。

基本流程 :将冰冻切片放在芯片捕获区域内,经HE染色、成像后,对组织进行透化、释放胞内mRNA,被芯片上oligo-dT探针捕获,每个探针都带有特异的地址序列,再以mRNA为模版进行cDNA合成、构建文库,测序获得基因表达及位置。

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 2、芯片及探针结构

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3、样本准备★★

    a、需要术后新鲜组织样本,石蜡包埋、液氮冷冻、-80℃冻存标本不可用

    b、冷冻:异戊烷液氮冷冻

    c、OCT包埋:注意标明组织及包埋盒方向 10X 空间转录组学_第4张图片

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    d、切片及质控

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     e、透化优化

     f、正式实验

2、初步统计及质控

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二、空转分析

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1、降维聚类:PCA,t-SNE,UMAP,基因表达及mRNA表达分布图

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2、差异表达分析:相关性热图,PCA图,表达差异热图、气泡图、t-SNE、小提琴图、空转验证

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3、数据库分析:GO,KEGG,DisGeNET,PPI

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4、结合10X 单细胞:将10X 单细胞判断出的细胞种类、表达值与空转spot中表达值比较,判断spot中主要细胞是什么

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三、运用例:空间转录组应用领域与研究思路 - 简书 (jianshu.com)

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资料来源:

1、【单细胞测序6】空间转录组学介绍-欧易生物_哔哩哔哩_bilibili

2、10x Visium空间转录组分析思路_哔哩哔哩_bilibili

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