生信完全入门线路图及资源大全

生信完全入门线路图及资源大全

原文链接:生信完全入门线路图及资源大全 - 生信技能树

成为一个合格的生信工程师必经之路

6大基础知识的掌握

首先你需要了解一些测序基础知识,生物学基础知识,这个主要靠自己看,还有平时多积累。

在生信技能树论坛上面我列了一下,需要自行花时间自学,遇到不懂的名词多搜索,多熟记。对应我们生信技能树的论坛版块是: 生信技能树»生信技能树生信基础测序原理-数据格式-数据库

然后你需要掌握一门编程语言,可以从 里面的题目开始,当然你需要先来一些简单,你先看这个, 编程学会怎么着也得两三个月了。对应我们生信技能树的论坛版块是:生信技能树互动作业脚本能力实践生信人必练的200个数据处理任务

如果是linux,不妨看看实验楼的练习:

  1. 全部课程 — >Linux, 新手入门, 计算机专业课 — > Linux 基础入门(新版)

也可以跟着视频来练习,如果你实在是需要,这里推荐业界马哥的视频教程,链接: 密码: xyq9

这些基础掌握的七七八八了,就可以开始NGS组学之旅了。

NGS组学技术的掌握

首先看 5 篇综述并翻译,涵盖主流的5个NGS组学技术:WES/RNA-seq/CHIP-seq/miRNA-seq/lncRNA-seq

  • Practical Guidelines for the Comprehensive Analysis of ChIP-seq Data :
  • A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data :
  • A survey of best practices for RNA-seq data analysis :
  • Online resources for miRNA analysis :
  • Long non-coding RNA discovery pipeline :

对应这些组学的PPT也需要自行搜索后浏览,掌握概念,原理。

然后看5篇测序数据分析例子

  • miRNA-seq : RNA expression profiling of human iPSC-derived cardiomyocytes in a cardiac hypertrophy model. :
  • CHIP-seq : CARM1 Methylates Chromatin Remodeling Factor BAF155 to Enhance Tumor Progression and Metastasis
  • WES : Clinical Whole-Exome Sequencing for the Diagnosis of Mendelian Disorders
  • LncRNA: Integration of Genome-wide Approaches Identifies lncRNAs of Adult Neural Stem Cells and Their Progeny In Vivo
  • RNA-seq: RNA-Seq Transcriptome Profiling Identifies CRISPLD2 as a Glucocorticoid Responsive Gene that Modulates Cytokine Function in Airway Smooth Muscle Cells

然后看5篇芯片数据分析例子:lncRNA : ,我就不继续罗列了。

转录组流程

https://f1000research.com/articles/4-1070/v1

https://f1000research.com/articles/5-1438/v1

https://www.bioconductor.org/help/workflows/rnaseqGene/

当然,实践这些项目你肯定是需要流程,代码,在我的github里面已经有了,但是你需要掌握了linux,软件安装等等,才能看懂。我的github地址是: https://github.com/jmzeng1314/NGS-pipeline

等你实践经验足够了,你会发现它们本质上都只是数据处理而已,你可以看我以前录制好的总结视频:有参组学(全基因组,全外显子组学,转录组学,表观)的几个NGS测序数据分析的表现形式的异同点,视频见腾讯课堂:https://biotree.ke.qq.com/ 敬请关注。

当然,我的视频还有很多,如果你感兴趣,可以自行按需下载:我做博客3年来录制的所有免费视频, 因为百度云总是禁止我分享,所以我会慢慢转移到腾讯课堂:https://biotree.ke.qq.com/ 敬请关注。

我还在论坛上面收集整理了很多NGS组学实践项目,欢迎大家前去练习,http://www.biotrainee.com/forum-108-1.html, 这个取决于你的悟性了。

但是如果要真正步入生信的殿堂,编程其实是少不了的,请继续学下去。

关于R语言

知道什么是R语言,了解基本语法,Rstudio编辑器,读写文件,跟Excel的区别,绘图等可视化,生物信息学相关的bioconductor系列包。

首先下载R语言打印版的 cheatsheet, 链接: 密码:4tsn 放在办公桌,或者枕头边上,随时浏览记忆。然后这里有一个网络视频教程,链接: 密码:ga9x 是数据分析与R语言视频教程+课件 请务必抽时间听完,一步步跟着操作学习,可以保证你R语言能入门。

上面的链接可能会被百度云封锁,看看这个:链接:https://pan.baidu.com/s/1bptknXt 密码:7tmg 生信入门(包括史上最全R语言资料合集,北大的生物信息学公开课等) 浏览器打开,选择感兴趣有需要的资料下载即可

如果所有的链接都失效了,你试试看百度云搜索功能,也许可以找到我们新的分享。

尤为注意的是,初学者千万不要钻牛角尖,而是要广泛涉猎,牢记基础,应用加实践,其背后的计算机逻辑算法等可以后期再补,而且要时刻记住,学习R语言是为了分析生物信息学数据。

  • 约翰•霍普金斯大学的Bioconductor学习课程
  • 斯坦福大学的暑期小课程-用bioconductor做统计分析
  • a Little Book of R for Bioinformatics!
  • 生物学家应该这样学R绘图-视频,数据,代码全公开

一般不建议初学者直接下载 史上最全R语言资料汇总,链接:https://pan.baidu.com/s/1bptknXt 密码:7tmg 里面的资料实在是太多了,初学者很容易迷失在里面。但我还是给大家,毕竟入门之后的提高,还是用得着的。

关于PYTHON

同样的,接下来你应该要开始实践:

生信技能树»生信技能树互动作业脚本能力实践生信编程实战5个月传送门~~~

需要自己跟着一套视频来一步步练习,这里推荐 炼数成金的python课程 链接: 密码: di8q

小成境界

我大概总结了一下:

生信完全入门线路图及资源大全_第1张图片
生信小成
  • 生信菜鸟团 http://www.bio-info-trainee.com/
  • 我们的论坛:生信技能树 http://www.biotrainee.com/thread-1376-1-1.html
  • 我们的VIP社区:https://vip.biotrainee.com/d/311-
  • 我们的微信公众号: https://mp.weixin.qq.com/s/egAnRfr3etccU_RsN-zIlg
  • 我们的知识星球: https://t.zsxq.com/VjmQZNn
  • 我们的腾讯课堂: https://biotree.ke.qq.com/

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